Le port de Koper est le principal port de Slovénie. Il est situé sur la côte adriatique, à seulement 60 kilomètres de la capitale, Ljubljana. Le port est desservi par de nombreuses compagnies maritime et ferroviaire et est également relié au réseau routier européen. Il est fréquenté par des milliers de passagers et de marchandises chaque année.

Aux ports de Piran et de Izola, on trouve des installations pour le traitement des produits de la mer et des services de débarquement pour les passagers. Ces deux ports sont également des ports de plaisance très fréquentés en été. Le port de Portoroz est un important centre de yachting et de tourisme de luxe.

Le port de Strunjan est un petit port de pêche et de plaisance situé dans une baie naturelle protégée. Le port de Ankaran est un petit port de plaisance et de pêche situé à proximité de la frontière croate. Il est fréquenté par les touristes et les pêcheurs.